Im Alter von neun Jahren begann Magdalena Neuner mit dem Biathlonsport. Schon früh deutete sich ihr außergewöhnliches Talent an, als sie von 1998 bis 2002 bei den Schülerwettbewerben vier Jahre hintereinander die Gesamtwertung gewann. Die danach folgende Jugendklasse eingerechnet, erreichte sie eine Serie von über 30 Siegen in Folge. Nach dem Abschluss der St. Irmgard-Realschule in ihrem Geburtsort Garmisch-Partenkirchen beendete sie im Alter von 16 Jahren die Schulausbildung, um sich fortan auf ihre sportliche Karriere zu konzentrieren. Noch als Jugendliche (J 17) klassifiziert gewann sie Ende Dezember 2003 beim Deutschlandpokal in Martell alle drei Rennen und erfüllte damit bereits die Leistungsnorm der Juniorinnen. Trainer Remo Krug nominierte sie daraufhin für den C2-Kader im Europacup der Juniorinnen. Mit weiteren Siegen im Verlauf der Saison schaffte Neuner die Qualifikation für die Juniorenweltmeisterschaften Ende Januar 2004 in Haute-Maurienne, bei denen sie sich mit zweimal Gold und einmal Silber erstmalig im internationalen Vergleich durchsetzen konnte. Bei den Juniorenweltmeisterschaften 2005 in Kontiolahti und 2006 in Presque Isle bestätigte sie die mittlerweile entstandene Favoritenrolle mit insgesamt drei Gold- und Silbermedaillen. Ihren ersten Auftritt bei den Senioren hatte Neuner im Biathlon-Weltcup 2005/2006. Bundestrainer Uwe Müßiggang zog bereits zwei Jahre zuvor in Erwägung, sie im Weltcup starten zu lassen; ihre Eltern sowie ihre Heimtrainer Bernhard Kröll und Herbert Mayer äußerten aber noch Bedenken. Verlief ihr Debüt am 13. Januar 2006 mit Platz 41 beim Weltcupsprint in Ruhpolding als Ersatz für die verletzte Uschi Disl noch enttäuschend, so erkämpfte sie wenige Wochen danach beim Sprintrennen in Kontiolahti am 16. März 2006 einen herausragenden vierten Platz.